Na uczelni zostaje zamordowany jeden z asystentów. W zastępstwie zmarłego wykładowcy czasowo zajęcia prowadzi ojciec Mateusz. Rozpoczyna się śledztwo w tej ponurej sprawie. W jego trakcie do Mateusza zgłasza się studentka, dziewczyna chłopaka podejrzanego o zabójstwo. Specjalnie przygotowana intryga ma na celu ujawnienie sprawcy.

Ojciec Mateusz – 2 seria 16 odc – Egzamin

Ojciec Mateusz wyjeżdża na dni skupienia do klasztoru cystersów. W tym czasie nowicjusz Fabian odnajduje zwłoki Korycińskiego, który również brał udział w dniach skupienia. Okazuje się, że mężczyzna został zamordowany.

Ojciec Mateusz – 2 seria 15 odc – Sekrety klasztoru

Paulina robi karierę w fabryce dziewiarskiej, prywatnie jest narzeczoną jej właściciela, Olka. Trwają przygotowania do ślubu tej pary. Ale podczas spowiedzi Paulina zwierza się księdzu Mateuszowi z dylematów związanych z zamążpójściem. Wkrótce Paulina zostaje znaleziona martwa w swoim mieszkaniu.
Natalia, która być może widziała sprawcę zabójstwa, staje się głównym świadkiem policji.

Ojciec Mateusz – 2 seria 14 odc – Spowiedź

W parafii zorganizowano loterię charytatywną. W jej przygotowanie zaangażowała się żona lokalnego biznesmena. Sama na ten szczytny cel oddała między innymi lalki. Jedną z lalek udaje się wylicytować Dorocie, znajomej Natalii. Ale niespodziewanie Dorota zostaje zaatakowana w swoim mieszkaniu, jej stan jest poważny. Rozpoczynają się intensywne poszukiwania sprawcy napadu.

Ojciec Mateusz – 2 seria 13 odc – Łzy Ewy

W sekcji bokserskiej trwają treningi prowadzone przez trenerów Rosę i Sylwestra. Niespodziewanie dochodzi do tragedii.Umiera młody bokser Łukasz.
Policja prowadzi śledztwo w tej sprawie.Dochodzenie przynosi bulwersujące odkrycie. Okazuje się, że w mieście są organizowane nielegalne walki bokserskie.

Hasan i Aziz są pochodzenia arabskiego, ale mieszkają i prowadzą interesy w Polsce. Hasan ma dwóch synów, Kamala i Raszida, Aziz – córkę Aminę. Postanawiają zaaranżować ślub swoich dzieci.
Młodzi mają jednak własne plany, Raszid kocha Paulinę. Nocą dochodzi do ataku na Kamala, który zostaje pobity. Co gorsza, ktoś wypisuje rasistowskie hasła na murze.

Trwają rozgrywki ligi koszykówki kobiet. W zespole wszyscy liczą na dobrą dyspozycję Eli, córki trenera. Tymczasem umiera Węgrzyniak, właściciel klubu sportowego i miejscowych zakładów obuwniczych. Bezpośrednią przyczyną zgonu był atak serca, ale mężczyzna został wcześniej uderzony jakimś przedmiotem w głowę.
Policja sądzi, że ze śmiercią tą mogła mieć coś wspólnego była zawodniczka, niepełnosprawna Weronika. Kobieta straciła władzę w nogach wskutek wypadku, który spowodował Węgrzyniak. Podejrzanym jest też brat zmarłego, który po jego śmierci przejął firmę. Niebawem ksiądz Mateusz przeprowadza prowokację, która pozwala wyjaśnić zagadkę śmierci Węgrzyniaka.

Do miasta przyjeżdża jasnowidz i uzdrowiciel, Dorian. Pewnego dnia mężczyzna spotyka Monikę i diagnozuje jej chorobę. Po wizycie u niego kobieta zaczyna czuć się znacznie lepiej.
Wyniki badań przeprowadzonych w pracowni Janiaka również wskazują na niezwykłą poprawę zdrowia pacjentki. Monika zaczyna namawiać innych do odwiedzenia uzdrowiciela. Tymczasem jedna z byłych pacjentek Doriana zostaje znaleziona martwa.

Pod kołami samochodu ginie Jacek, ratujący Małgosię po upadku ze skutera. Kierowca pirat ucieka z miejsca zdarzenia. Po kilku miesiącach Małgosia powraca do parafialnego zespołu muzycznego, poznaje nowych członków grupy. Wciąż przeżywa wypadek, nie może się pogodzić ze śmiercią Jacka.
Od pewnego czasu ktoś prześladuje Małgosię, próbuje zmusić ją do wyjazdu z miasta. Tymczasem policja nadal poszukuję sprawcy wypadku. Na grobie Jacka ktoś codziennie zostawia błękitną różę.

W kościele, w dniu święta Matki Boskiej Zielnej, zostaje ukąszony przez węża miejscowy przedsiębiorca, Lipski. Michał znajduje w kościele gada. Rozpoczyna się dramatyczny wyścig z czasem. Trzeba natychmiast znaleźć serum, w przeciwnym razie Lipski umrze.
Ksiądz Mateusz dowiaduje się, że podejrzanym o podrzucenie węża jest Minas, Ormianin niedawno zwolniony z pracy przez Lipskiego. Mężczyzna zostaje aresztowany.